Externaliser une partie de sa R&D peut être un levier puissant : accès à des compétences rares, accélération du développement, réduction des délais.
Mais dès qu’il est question de crédit d’impôt recherche (CIR) et de sous-traitance, les règles deviennent strictes. Une erreur ou omission sera relevée en contrôle fiscal.
Cet article propose un cadre clair et opérationnel pour valoriser et sécuriser vos dépenses de sous-traitance CIR.
Qu’entend-on par sous-traitance Crédit d’Impôt Recherche ?
La sous-traitance CIR correspond à des travaux de recherche et développement confiés, par contrat, à un tiers (entreprise d’ingénierie, cabinet spécialisé, laboratoire public ou privé, organisme de recherche).
Pour être valorisées, ces dépenses de recherche doivent :
- Relever de la recherche : présence d’un verrou scientifique ou technique, incertitude sur le résultat, démarche expérimentale structurée ;
- Produire des résultats transférables et documentés.
En revanche, certaines activités ne sont pas couvertes. C’est le cas de la maintenance applicative, de l’intégration standard, du paramétrage “catalogue”, de la formation ou encore de la recette métier.
➡️ À distinguer : la collaboration de recherche (CICo), qui implique un partage des risques et des résultats. La sous-traitance CIR, elle, repose sur un contrat de prestation.
Crédit Impôt Recherche et agrément : le sésame indispensable
Pourquoi est-il essentiel ?
Pour que les dépenses facturées par le prestataire entrent dans l’assiette du CIR du donneur d’ordre, le prestataire doit être agréé CIR. Cette règle s’applique aussi bien aux organismes privés qu’aux organismes publics (depuis 2022).
Bonnes pratiques
- Vérifiez l’agrément avant la signature. Mentionnez dans le contrat le numéro, la période de validité et archivez une copie.
- Sécurisez la date. Si l’agrément expire en cours de projet, les dépenses restent valorisables si le contrat a été signé alors qu’il était valide.
- Anticipez les renouvellements. Un agrément oublié peut bloquer de nouveaux projets.
➡️ Conseil : faites de la vérification d’agrément un réflexe systématique avant toute contractualisation.
Dépenses de recherche et plafonds CIR : comment mieux structurer
Trois garde-fous structurent l’éligibilité :
1. La règle des 3x :
Vos dépenses de sous-traitance ne peuvent pas dépasser trois fois vos dépenses de recherche internes éligibles.
Exemple : avec 800 k€ de R&D interne, la limite est fixée à 2,4 M€.
2. Les plafonds annuels :
> 10 M€ si le prestataire n’a pas de lien de dépendance avec vous ;
> 2 M€ en cas de lien de dépendance (filiale, contrôle, etc.). Ce plafond est inclus dans le plafond global de 10 M€.
3. Neutralisation chez le sous-traitant :
Pour éviter un double avantage, le prestataire agréé cir qui facture des travaux de R&D doit déduire cette part de sa propre assiette CIR.
➡️ Ces règles visent à garantir que le CIR finance réellement de la recherche et développement et non une simple externalisation sans valeur ajoutée scientifique.
Dépenses de sous-traitance et anti-cascade : rester au premier rang
Le principe est simple : seuls les travaux réalisés par le prestataire de premier rang sont valorisables au titre du crédit impôt recherche CIR.
- Si le prestataire sous-traite lui-même, seule la part directement effectuée par un acteur agréé et clairement identifiée peut être retenue.
- Les contrats doivent être précis : rôle de chacun, livrables, temps passé, propriété des résultats.
➡️ Évitez les chaînes successives de sous-traitance. Elles fragilisent la traçabilité et peuvent bloquer l’éligibilité.
Contrat, preuves et traçabilité : les incontournables
Avant de signer :
- Définissez les lots R&D avec objectifs, hypothèses et critères d’achèvement.
- Inscrivez le numéro et la période de validité de l’agrément CIR.
- Prévoyez des jalons contractuels : comptes-rendus, rapports techniques, versions intermédiaires.
- Vérifiez s’il existe un lien de dépendance, car il modifie le plafond applicable.
Pendant l’exécution :
- Tracez le temps consacré aux tâches de recherche et distinguez-les des activités non R&D.
- Conservez toutes les preuves techniques : notebooks, logs, photos, modèles, jeux de tests.
- Validez et datez chaque jalon.
À la clôture
- Vérifiez le respect des plafonds (règle des 3x, 10 M€/2 M€).
- Déduisez les subventions éventuelles.
- Archivez la preuve d’agrément valable au jour de la signature.
Trois cas fréquents en sous-traitance CIR
- Groupe avec filiale R&D agréée : le plafond de 2 M€ s’applique, même avec des budgets importants. Documentez précisément pour éviter toute confusion.
- Start-up et laboratoire public : les plafonds sont identiques à ceux du privé. Si la relation ressemble à une vraie collaboration, le dispositif CICo peut être plus adapté.
- Perte d’agrément en cours de projet : l’éligibilité est maintenue si le contrat a été signé alors que l’agrément était valide. Mais un nouveau contrat ne pourra pas être valorisé sans agrément en vigueur.
Les erreurs classiques à éviter
- Confondre R&D et travaux connexes (comme la maintenance applicative, le paramétrage ou la formation).
- Ne pas tracer la validité de l’agrément au moment de la signature.
- Tolérer une cascade de sous-traitants sans contrôle.
- Oublier la neutralisation côté prestataire agréé.
- Négliger les preuves (temps, essais, versions). En contrôle fiscal, ce sont elles qui font foi.
👉 Ces erreurs, souvent simples à éviter, seront soulignées lors d’un contrôle fiscal.
Ce qui a changé récemment pour le crédit d’impôt recherche
Deux évolutions majeures ont marqué la sous-traitance CIR :
1️⃣ Fin du doublement : Depuis le 1ᵉʳ janvier 2022, les dépenses de R&D confiées à des organismes publics ne sont plus comptabilisées pour le double de leur montant. Elles sont désormais prises en compte au même niveau que celles confiées à des prestataires privés.
2️⃣ Obligation d’agrément généralisée : À partir du 1ᵉʳ janvier 2022, les prestations de recherche sous-traitées à des organismes publics ou assimilés ne peuvent être valorisées dans le CIR du donneur d’ordre que si ces organismes disposent d’un agrément CIR.
➡️ Résultat : le cadre est plus clair, mais il exige une vigilance renforcée sur l’agrément, les plafonds et la traçabilité.
Un levier puissant mais encadré
La sous-traitance CIR est un outil utile pour accélérer l’innovation et optimiser vos dépenses de recherche. Bien cadrée, elle permet d’accéder à des expertises rares, de partager le risque et de bénéficier du crédit d’impôt recherche.
Cependant, il s’agit un dispositif exigeant : agrément, plafonds, anti-cascade et preuves constituent les quatre piliers à maîtriser.
➡️ En 2025, sécuriser vos dépenses de sous-traitance et renforcer vos process de traçabilité est la meilleure manière d’optimiser votre stratégie R&D, tout en restant serein face à un éventuel contrôle fiscal.
