Un budget adopté dans l’urgence avec des répercussions majeures pour les entreprises innovantes
Le Projet de Loi de Finances (PLF) 2025, adopté via l’article 49.3 après passage à l’assemblée nationale puis au Sénat, apporte des modifications substantielles aux dispositifs de financement de l’innovation.
Les entreprises bénéficiant du Crédit d’Impôt Recherche (CIR), du Crédit d’Impôt Innovation (CII), du statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) et du régime fiscal de l’IP Box devront rapidement s’adapter à ces nouvelles règles.
Le calendrier budgétaire a été bouleversé par la dissolution de l’Assemblée nationale et l’absence de débats parlementaires approfondis, limitant les ajustements demandés par les acteurs économiques. Ce contexte a conduit à l’adoption rapide de mesures ayant un impact direct sur les entreprises innovantes, notamment en matière de fiscalité de la recherche et développement (R&D) et de l’innovation.
Ces nouvelles dispositions s’appliqueront aux dépenses engagées à partir du 15 février 2025, date de promulgation de la loi. Les entreprises doivent dès maintenant anticiper ces évolutions afin de sécuriser leur stratégie de financement de l’innovation pour les années à venir.
Des ajustements majeurs du CIR
Le CIR, levier phare du financement de l’innovation, subit en 2025 plusieurs ajustements qui vont impacter significativement les entreprises qui en bénéficiaient.
Depuis sa création, le CIR a connu plusieurs ajustements notables :
- Suppression du doublement de l’assiette de sous traitance pour les organismes publics (Loi de Finances pour 2021)
- Introduction du Crédit d’Impôt en faveur de la Recherche Collaborative (CICo) (Loi de Finances pour 2022)
- Prorogation du Crédit d’Impôt Collection (Loi de Finances pour 2023)
Réduction du taux des frais de fonctionnement :
Jusqu’à présent, les dépenses éligibles au CIR bénéficiaient d’un taux forfaitaire de frais de fonctionnement de 43%, permettant aux entreprises de valoriser des coûts indirects liés à leurs investissements en R&D.
Le taux est réduit à 40%, ce qui diminue mécaniquement le montant du crédit d’impôt accordé.
Conséquence chiffrée de la réforme :
Une entreprise déclarant 1 million d’euros de dépenses de personnel éligibles pouvait auparavant intégrer 429 000 € de frais de fonctionnement dans son assiette CIR. Avec la réforme, cette base est réduite à 400 000 €, impactant ainsi le montant total du crédit d’impôt obtenu.
Suppression de l’éligibilité des dépenses de brevets :
Jusqu’à présent, les entreprises pouvaient inclure dans leur base CIR les dépenses liées à la prise, la maintenance, la défense et l’amortissement des brevets. Cette possibilité est supprimée à partir de 2025, ce qui représente une perte significative pour les entreprises investissant dans la protection de leur propriété intellectuelle.
Ce retrait du champ d’éligibilité concerne notamment les secteurs industriels où la stratégie de brevetage est un levier clé de valorisation des innovations.
Fin du bonus Jeune Docteur
La Loi de Finances pour 2025 supprime le bonus CIR lié à l’embauche d’un jeune docteur. Jusqu’ici, les entreprises pouvaient doubler l’assiette des dépenses de personnel pour les jeunes docteurs embauchés en CDI pendant leurs deux premières années d’activité.
Cette suppression risque de freiner l’embauche de profils hautement qualifiés en R&D et d’alourdir les coûts salariaux pour les entreprises innovantes.
Conséquence chiffrée de la réforme :
Dans le cas d’un jeune docteur bénéficiant d’un salaire brut de 40 000 € affecté aux projets de R&D à hauteur de 90% de son temps, dans l’hypothèse d’un taux de charges patronales éligibles dans la moyenne de 45%, le CIR récupéré pour ce collaborateur passe d’un total de 62 640 € à 22 394 €, soit une baisse de 64%.
Exclusion des dépenses de veille technologique du calcul du CIR.
Les dépenses de veille technologique, jusqu’ici éligibles dans la limite de 60 000 € par entité juridique et par an, sont désormais exclues du calcul du CIR.
Cette évolution pénalise particulièrement les entreprises investissant dans l’acquisition d’informations stratégiques sur leur environnement technologique et concurrentiel.
Conséquence chiffrée de la réforme :
Une entreprise qui avait des dépenses de bases de données et de revues scientifiques et techniques à hauteur de 58 000 € verra son CIR diminuer au total de plus de 17 000 €.
Clarification du traitement des subventions publiques
Le PLF 2025 introduit une définition plus stricte des subventions publiques déductibles du CIR. Cette clarification vise à limiter les risques de cumul d’aides publiques et à encadrer davantage l’utilisation des dispositifs fiscaux liés à la R&D.
Un CII prolongé jusqu’en 2027 mais avec un soutien en baisse
Le CII, initialement menacé de suppression, est finalement prolongé jusqu’en 2027. Toutefois, son taux de calcul est réduit de 30% à 20% dès 2025, ce qui diminue considérablement le soutien financier aux projets d’innovation des PME.
Cette baisse du taux réduit significativement l’intérêt du CII, en particulier pour les petites entreprises dont l’innovation repose sur ce levier fiscal.
Conséquence chiffrée de la réforme :
Une entreprise déclarant 400 000 € de dépenses éligibles verra son CIR diminuer de 120 000 € à 80 000 € soit un manque à gagner de 40 000 €.
Le Crédit d’Impôt Collection (CIC) prolongé sans modification
Le CIC, destiné aux entreprises du secteur textile, de l’habillement et de la maroquinerie, est prolongé jusqu’en 2027 sans modification des critères d’éligibilité.
L’IP Box maintenue : un soulagement pour les entreprises innovantes
Un temps menacé, l’IP Box reste inchangé.
Le régime IP Box permet toujours de bénéficier d’un taux réduit d’imposition à 10% sur les revenus issus de l’exploitation de certains actifs de propriété intellectuelle tels que les brevets et licences de logiciels.
L’IP Box vise à encourager les entreprises françaises à développer et exploiter leurs brevets en France.
Statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) : un accès plus restreint
Bien que le statut JEI ne soit pas directement concerné par le PLF 2025, il fait l’objet de modifications introduites par le Projet de Loi de Financement de la Sécurité Sociale (PLFSS) 2025.
Menace sur les exonérations fiscales et sociales
La Loi de Finances pour 2024 avait supprimé le volet fiscal du statut JEI et la Loi de Finances pour 2025 prévoyait la suppression du volet social. Ces coupes visaient à réaliser une économie substantielle mais auraient pénalisé fortement les jeunes entreprises innovantes.
De nombreux acteurs du monde de l’innovation et des députés se sont mobilisés fin 2024 et début 2025 afin de revenir sur ces mesures. En effet, le statut JEI est un élément clé du soutien à la R&D et à l’innovation en France, dont l’efficacité a été régulièrement démontrée, sur l’emploi en particulier. La Commission Européenne a notamment classé ce statut premier dans son analyse des dispositifs européens de soutien à l’innovation.
Seuil d’effort de R&D relevé
Le PLF 2025 a finalement maintenu les exonérations sociales, mais l’article 22 du PLFSS 2025 est venu limiter fortement l’obtention du statut JEI : en relevant le seuil d’effort de R&D consacré par l’entreprise de 15% à 20% des charges totales.
Si elles sont moins drastiques de prévu, les modifications apportées au statut JEI vont pénaliser fortement les startups et TPE, dont l’accès au financement s’est déjà complexifié ces dernières années en raison d’une conjoncture économique plus tendue.
Cette disposition devrait s’appliquer aux sociétés créées à partir de 2025.
Un renforcement du contrôle fiscal du CIR et du CII
Dans un souci de rationalisation des finances publiques, le PLF 2025 durcit les contrôles fiscaux appliqués aux déclarations CIR et CII.
Les entreprises devront être en mesure de justifier avec précision toutes les dépenses de R&D et d’innovation déclarées. En l’absence de justificatifs jugés suffisants, l’Administration fiscale pourra rejeter une demande de crédit d’impôt.
Cette évolution s’inscrit dans la continuité des renforcements successifs des exigences documentaires en matière de CIR et CII. Les entreprises doivent anticiper cette tendance en adoptant une stratégie de justification rigoureuse et conforme aux attentes de l’administration fiscale mais aussi du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche (MESR).
Ces réformes récentes modifient profondément le financement de l’innovation. Pour sécuriser vos demandes de crédits d’impôt et optimiser votre stratégie fiscale, nos experts sont à votre disposition.
