Chaque année, le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) publie le Guide du Crédit d’Impôt Recherche (CIR), un document de référence pour les entreprises qui déclarent des dépenses de R&D.
Bien qu’il ne remplace pas la loi, ce guide influence directement la manière de déclarer et les pratiques de contrôle de l’administration fiscale.
Le millésime 2025 marque une évolution majeure :
Il combine un recentrage du périmètre éligible, une clarification des activités de recherche “indispensables”, une refonte de la trame justificative et une dématérialisation complète de la procédure d’agrément.
En somme, le CIR se modernise, mais demande davantage de rigueur aux entreprises déclarantes.
CIR 2025 : comment identifier les travaux réellement éligibles à la R&D
Jusqu’à présent, la notion d’“activité indispensable” était évoquée sans définition précise.
Le guide 2025 change la donne : il pose désormais quatre critères cumulatifs pour identifier les travaux qui peuvent être considérés comme nécessaires à une opération de R&D :
- L’activité doit s’inscrire dans une opération de R&D éligible ;
- Elle doit avoir un lien direct avec l’objectif scientifique ou technique du projet ;
- Elle doit être menée par un personnel qualifié, capable de comprendre et de conduire les travaux ;
- Elle doit produire un résultat inédit, non accessible par ailleurs.
Ces critères sont à documenter clairement dans les dossiers.
L’entreprise devra donc prouver, point par point, en quoi chaque tâche soutient concrètement l’objectif de R&D.
Le guide illustre cette notion avec des exemples concrets : collecte de données pour l’entraînement d’un modèle d’intelligence artificielle, dosage protéique ELISA en biologie, ou encore traduction psychométrique en sciences humaines.
Ces exemples visent à uniformiser l’interprétation entre experts du MESR et services fiscaux, et à réduire les désaccords lors des contrôles.
➡️ En clair : les activités “périphériques” mais nécessaires à la R&D devront désormais être formellement justifiées pour être retenues dans le calcul du CIR.
Projets informatiques : ce que le guide précise enfin
Le domaine informatique reste un terrain délicat pour le CIR, tant il mêle innovation, ingénierie classique, ingénierie complexe et développement expérimental.
Pour aider les entreprises à s’y retrouver, le Guide 2025 définit quatre types d’opérations susceptibles de constituer des travaux de R&D :
- Création ou amélioration d’un algorithme, d’une méthode ou d’un protocole : l’entreprise doit prouver une avancée technique mesurable par rapport à l’état de l’art.
- Formalisation ou adaptation d’une méthodologie originale : il s’agit de structurer un processus inédit de développement ou de test.
- Application innovante de concepts scientifiques récents : par exemple, déployer une technologie émergente d’IA ou de calcul quantique dans un nouveau contexte.
- Mise en place d’expérimentations ou de prototypes : ces phases doivent être documentées, mesurées et évaluées.
Le guide insiste sur un point essentiel : la documentation.
Les entreprises doivent pouvoir démontrer :
- le verrou scientifique ou technique,
- la nouveauté de l’approche,
- les résultats expérimentaux,
- et la validation des hypothèses.
Cette formalisation devrait permettre à terme de limiter la confusion entre développement standard et véritable activité de recherche.
Loi de finances 2025 : impacts directs sur le calcul du Crédit Impôt Recherche
La loi de finances 2025 entraîne plusieurs révisions majeures dans le calcul du CIR.
Certaines dépenses sont supprimées, d’autres voient leur taux réduit.
Les principales modifications :
❌ Fin du dispositif Jeune Docteur (plus de doublement ni de taux majoré).
📉 Baisse du taux de frais de fonctionnement : de 43% à 40% des dépenses de personnel.
❌ Suppression des dépenses liées à la propriété intellectuelle : amortissements, frais de dépôt, de défense et de veille technologique ne sont plus pris en compte.
Cette réforme s’applique à partir du 15 février 2025, ce qui impose deux calculs distincts sur l’année :
- avant le 15 février : mêmes règles qu’en 2024,
- après : application des nouvelles suppressions.
Par ailleurs, le Crédit d’Impôt Innovation (CII) est prolongé jusqu’en 2027, mais son taux chute de 30% à 20%.
Le Crédit d’Impôt Collection (CIC) reste inchangé.
Enfin, les statuts Jeune Entreprise Innovante (JEI) et Jeune Entreprise de Croissance (JEC) deviennent plus stricts :
- part de dépenses de R&D minimale portée à 20% des charges,
- application pour les exercices clos après le 1er mars 2025.
➡️ En pratique, ces évolutions exigent des entreprises un suivi fin du calendrier fiscal pour éviter toute erreur de calcul sur la période transitoire.
Agrément : dépôt obligatoire sur la plateforme CIROCO
Autre évolution notable : le dépôt des demandes d’agrément passe désormais par la plateforme CIROCO. Cet outil devient le portail unique pour toutes les demandes : CIR, CII, CICo et bientôt CI THC (textile, habillement, cuir).
Mais cette modernisation modifie aussi la forme :
- les dossiers doivent être remplis directement en ligne,
- les textes sont limités en nombre de caractères,
- et il n’est plus possible d’ajouter librement des annexes.
Ce format vise à harmoniser les présentations et à favoriser la concision, mais il peut rendre plus difficile la justification technique d’un projet complexe.
Les entreprises devront donc travailler leur clarté et leur synthèse pour convaincre avec moins de mots.
Nouvelle trame de justification : un dossier plus synthétique et plus exigeant
Le format du dossier technique évolue en profondeur, pour la première fois depuis 2018.
L’objectif : simplifier la lecture des experts tout en garantissant la rigueur scientifique.
Les principales nouveautés :
1. Une synthèse d’une page par opération de R&D, comprenant :
- le contexte scientifique,
- les objectifs,
- la démarche expérimentale,
- les résultats et la transférabilité.
2. Une trame structurée en quatre grandes sections :
- Description générale du projet ;
- Verrou scientifique ou technique et justification de la R&D ;
- Travaux réalisés et démarche scientifique ;
- Résultats, acquis et indicateurs de recherche.
3. Deux rubriques spécifiques viennent compléter le dossier :
- la fiche Ressources humaines, précisant les contributeurs, leurs diplômes et leur temps passé ;
- la fiche Travaux externalisés, décrivant les prestataires et la nécessité de leurs interventions.
⏱ Limite : 10 pages par opération, ce qui impose un réel travail de sélection et de synthèse.
Les entreprises devront apprendre à aller à l’essentiel tout en conservant un raisonnement scientifique solide.
Autres changements du Guide CIR 2025 à connaître avant votre déclaration
Le guide mentionne aussi plusieurs ajustements mineurs :
- la date limite de dépôt fixée au 5 mai 2026,
- et la publication de nouvelles trames de rescrit CIR, CII, JEI et JEC alignées sur le nouveau formalisme.
Quels impacts concrets pour les entreprises déclarantes ?
Ces évolutions traduisent une volonté claire du MESR : mieux encadrer la R&D éligible et uniformiser les pratiques.
Mais elles impliquent aussi davantage de travail interne :
- analyser précisément les activités qualifiables de “R&D indispensable”,
- adapter les calculs de dépenses sur la période transitoire,
- revoir entièrement la structure des dossiers,
- et former les équipes à la rédaction synthétique et scientifique.
En d’autres termes, le CIR devient plus exigeant, mais aussi plus lisible et plus cohérent.
Les entreprises qui sauront s’adapter rapidement gagneront en sécurité et en efficacité lors des contrôles.
➡️ Le Guide CIR 2025 marque un véritable tournant. Entre simplification des trames, durcissement des critères et digitalisation des procédures, il exige des entreprises une mise à niveau méthodologique.
Les dépenses de R&D devront désormais être plus ciblées, mieux justifiées et plus synthétiques dans leur présentation.
La prochaine loi de finances 2026 pourrait encore ajuster certains postes, mais le mouvement est clair : le CIR tend vers plus de transparence, de cohérence et de discipline documentaire.
