CIR et contrôle fiscal : comment sécuriser vos futures déclarations

  • Par Leyton
    • 20 Mar 2025
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CIR et contrôle fiscal : comment sécuriser vos futures déclarations

Le crédit d’impôt recherche (CIR) : un dispositif fiscal qui connait un vif succès

Dispositif fiscal essentiel destiné à soutenir l’effort de recherche et développement (R&D) en France des entreprises, le CIR fait l’objet d’une augmentation constante du nombre d’entreprises déclarantes, pour une enveloppe budgétaire qui dépasse les 7 milliards d’euros depuis plusieurs années.

Un contexte de hausse des contrôles fiscaux

Le CIR est, depuis sa création, soumis à contrôle ou à simple vérification (dans le cas des demandes de remboursement).

Cette étape n’est pas systématique – une entreprise peut tout à fait déclarer du CIR et ne pas être contrôlée — mais nous constatons ces dernières années une recrudescence du nombre de contrôles fiscaux.

Cette hausse est davantage marquée chez les grandes entreprises bénéficiaires et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) qui sont davantage contrôlées que les TPE/PME.

Pourquoi se préparer au contrôle fiscal du CIR ?

Un contrôle fiscal peut s’avérer réellement anxiogène et chronophage

Tout d’abord, les délais sont souvent serrés pour apporter les éléments de réponse attendus par l’administration fiscale et le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR).

Par ailleurs, le déclenchement d’une expertise technique avec des échanges nombreux va entraîner une sollicitation forte de vos chefs de projets ayant participé aux opérations de R&D valorisées.

Enfin, les demandes complémentaires nécessitent un travail de consolidation supplémentaire et parfois de spéléologie pour retrouver les justificatifs (factures, emails, CV, etc.).

Quels sont les risques d’un contrôle fiscal CIR mal préparé ?

En cas de mauvaise préparation, les conséquences sont simples au-delà du temps passé au détriment du développement de votre entreprise : le redressement fiscal et donc la baisse de votre budget R&D et innovation.

Contrôle fiscal CIR : comment améliorer vos pratiques après un contrôle ?

Dépasser le contrôle quelle que soit l’issue

Pour aborder sereinement et plus efficacement les potentiels futurs contrôles, vous devez analyser les observations apportées en fin de procédure pour apporter les ajustements nécessaires.

Il faut ainsi concevoir le contrôle vécu – même si l’issue vous a été défavorable – comme une opportunité d’optimisation de vos processus internes.

Se concentrer sur les points d’amélioration

Il convient de mettre tous ses efforts pour améliorer ce qui doit l’être dans son processus de gestion du CIR pour sécuriser sa prochaine déclaration.

L’analyse de notre benchmark montre que les points d’attentions sur lesquels il faut se porter sont les suivants :

L’éligibilité des projets valorisés :
En particulier : bien distinguer R&D et innovation dans le cas d’utilisation de prototypes ou d’installations pilotes

La complétude du dossier technique justificatif :
En particulier : ne pas négliger les parties état de l’art avec les références bibliographiques, et verrous technologiques

La justification des dépenses :
Ne pas oublier : chaque poste de dépenses doit être documenté (feuilles de temps, contrats, extraits de compte, etc.)

Trois axes à suivre pour sécuriser vos prochaines déclarations CIR

Axe 1 : Anticiper les demandes de l’administration

  • Vous pouvez déposer un rescrit avant de déclarer votre CIR / CII. Cette demande permet de faire valider en amont l’éligibilité des projets et un plafond de dépenses selon certains cas.
  • Préparez vos dossiers au fur et à mesure de l’avancement des travaux en consolidant la documentation dans des répertoires dédiés.
  • Sollicitez les personnes clés disposant du bon niveau de connaissance sur les projets pour expliquer la démarche de travail et retracer les principales phases des projets.
  • Faites de la veille régulière sur le dispositif. Les attentes de l’administration fiscale évoluent chaque année, avec des demandes plus fines sur certains sujets comme les suivis des temps ou la justification des contributions individuelles. Ces éléments nécessitent souvent un travail supplémentaire de formalisation, ou de remise en forme des dossiers financiers et techniques.

Axe 2 : Argumenter pour démontrer l’éligibilité

  • Soyez clair, concis et précis dans sa démonstration de l’éligibilité des projets : évitez les affirmations générales et les superlatifs sans consistance.
  • Utilisez le langage scientifique et technique et évitez le jargon interne.
  • Soignez les parties qui sont régulièrement challengées : état de l’art exhaustif et pertinent, verrous techniques, originalité des travaux pour le CIR ; état du marché exhaustif et pertinent, critères d’innovation pour le CII.

Axe 3 : Documenter chaque dépense et chaque projet de R&D

  • Suivez les temps par projet et par phase via un outil de suivi des temps complété tout au long de l’année et comportant un descriptif du temps consacré et des activités réalisées.
  • Renseignez la nature des contributions individuelles et collectez des justificatifs par personne et par projet.
  • Identifiez les documents pouvant être annexés au dossier technique.
  • Collectez les CV, diplômes, fiches de postes des collaborateurs impliqués sur les projets.
Guide contrôle fiscal CIR

Faites-vous accompagner par Leyton pour sécuriser votre CIR et libérez-vous du temps !

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Leyton

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