Depuis le 1er septembre 2026, la durée des prescriptions d’arrêts maladie est plafonnée à 31 jours pour une prescription initiale et à 62 jours pour chaque prolongation (sauf dérogation médicalement justifiée).
La réforme introduit également de nouvelles exigences concernant les informations médicales renseignées par le prescripteur, sans remettre en cause le secret médical à l’égard de l’employeur.
Dans un contexte de reprise de la circulation des virus respiratoires à la rentrée, cette réforme invite les directions des ressources humaines, les services paie, les managers et les directions financières à réexaminer leurs processus de gestion de l’absentéisme.
Le Covid-19 refait parler de lui à cette rentrée 2026 : un signal à ne pas ignorer
Chaque rentrée apporte son lot de rhumes, de gastro-entérites et de syndromes grippaux. Cette année, un autre acteur revient sur le devant de la scène : le Covid-19.
Les données sanitaires disponibles à la rentrée font état d’une reprise de la circulation du SARS-CoV-2 dans plusieurs territoires, notamment observée au travers des différents dispositifs de surveillance de Santé publique France.À ce stade, les indicateurs disponibles appellent à la vigilance sans permettre de conclure à une vague massive. La rentrée et l’automne constituent par ailleurs une période favorable à la circulation de différents virus respiratoires.
Pour les directions des ressources humaines et les services paie, ce type de signal constitue un point de vigilance. Une circulation accrue des virus saisonniers est susceptible de contribuer à une augmentation temporaire des arrêts de travail de courte durée. La rentrée 2026 présente par ailleurs une particularité : elle coïncide avec l’entrée en vigueur de nouvelles règles encadrant la durée des prescriptions d’arrêts maladie.
La réforme du 1er septembre 2026 encadre pour la première fois la durée des arrêts maladie
Jusqu’au 31 août 2026, aucun texte ne fixait de durée maximale légale pour la prescription d’un arrêt de travail. Certaines recommandations existaient pathologie par pathologie, mais elles n’avaient aucun caractère contraignant. C’est ce vide juridique que vient combler un décret publié au Journal officiel le 13 juin 2026, issu de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026.
Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts maladie hors accident du travail et maladie professionnelle et sauf dérogation médicalement justifiée, sont plafonnés à :
- 31 jours maximum pour une première prescription d’arrêt de travail
- 62 jours maximum pour chaque prolongation
Les arrêts prescrits en téléconsultation sont limités à 3 jours.
Ces limites ne constituent pas une durée maximale totale de l’arrêt car plusieurs prolongations successives peuvent être prescrites lorsque l’état de santé du patient le justifie.
Le projet initial envisageait une durée différenciée selon le lieu de prescription – 15 jours en médecine de ville contre 30 jours à l’hôpital. Les parlementaires ont finalement opté pour un plafond unique d’un mois, quel que soit le prescripteur, et ont choisi d’inscrire cette durée dans la loi plutôt que de la laisser fixer par voie réglementaire. Ces plafonds concernent l’ensemble des professionnels habilités à délivrer un arrêt de travail : médecins généralistes, médecins spécialistes, sages-femmes et chirurgiens-dentistes.
La réforme prévoit également que le prescripteur renseigne systématiquement les éléments d’ordre médical et le motif justifiant l’interruption de travail. Ces informations sont destinées au service médical de l’Assurance Maladie et ne sont pas communiquées à l’employeur, conformément au respect du secret médical.
Pour l’employeur, l’enjeu consiste désormais à intégrer ces nouvelles règles de prescription dans des processus de gestion de l’absence déjà complexes, notamment lorsque les arrêts se prolongent. L’enjeu reste à la fois économique, compte tenu des impacts potentiels sur l’organisation et les coûts, et humain, notamment au regard des risques de désinsertion professionnelle associés à certaines absences longues.
Ce qui ne change pas avec la mise à jour de la réforme
Le principe d’un maximum de 360 jours d’indemnités journalières sur une période de trois ans demeure applicable dans le régime général concerné. Des règles spécifiques existent toutefois pour certaines situations, notamment les affections de longue durée.
Par ailleurs, le prescripteur peut déroger aux nouvelles durées maximales de prescription lorsque l’état de santé du patient le justifie, sous réserve de motiver cette dérogation conformément aux textes applicables.
Quel impact concret pour les entreprises et les services RH ?
1. Une vigilance accrue dans le suivi des IJSS
Le recouvrement des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) est directement rythmé par la durée des arrêts de travail. En plafonnant les premières prescriptions à 31 jours, la réforme entraîne mécaniquement une fragmentation des dossiers : toute prolongation devra faire l’objet d’une nouvelle prescription distincte.
La limitation de la durée des prescriptions est susceptible d’augmenter le nombre de prolongations à traiter pour certains arrêts longs. Pour les entreprises pratiquant la subrogation, cette évolution peut nécessiter une vigilance renforcée sur la continuité des dossiers et sur le rapprochement entre les IJSS attendues et les IJSS effectivement perçues.
Selon la durée des arrêts et l’organisation de l’entreprise, les principaux points de vigilance peuvent notamment porter sur :
- Le suivi des prescriptions et prolongations successives
- La continuité du traitement des dossiers par les équipes RH et paie
- Le rapprochement des IJSS attendues et perçues en cas de subrogation
- La prévention des anomalies ou ruptures dans la chaîne de traitement
2. Une charge administrative potentiellement accrue pour la gestion des absences et arrêts de travail
Pour les arrêts dépassant 31 jours et ne faisant pas l’objet d’une dérogation, les nouvelles règles peuvent conduire à traiter davantage de prolongations. Les équipes RH et paie devront donc veiller à la bonne prise en compte des prescriptions successives et à la continuité du traitement administratif de l’absence et, le cas échéant, de la subrogation. Les contrôles médicaux seront renforcés pour les arrêts longs, le seuil pour solliciter le contrôle médical étant fixé à trois mois. Des sanctions financières sont appliquées en cas d’arrêts jugés injustifiés.
3. Des provisions et une masse salariale à réévaluer
La réforme constitue également l’occasion de réexaminer les modalités de pilotage financier de l’absentéisme. Selon les pratiques de l’entreprise, les directions RH et financières peuvent utilement réévaluer leurs hypothèses de projection en intégrant les coûts directs et indirects associés aux absences, notamment les éventuels coûts de remplacement, les impacts organisationnels et les mécanismes de maintien de salaire applicables.
Absentéisme et arrêts maladie 2026 : comment adapter son organisation aux nouvelles règles ?
Entre la circulation saisonnière des virus respiratoires et l’entrée en vigueur des nouvelles règles de prescription, la rentrée 2026 constitue une période pertinente pour réexaminer et sécuriser les processus de gestion des absences.
Les mesures prioritaires à mettre en place
- Informer les équipes RH, paie et les managers des nouvelles règles de prescription et de prolongation
- Sensibiliser les équipes concernées aux règles applicables pendant l’arrêt maladie et aux contrôles pouvant être réalisés par l’Assurance Maladie
- Vérifier que les outils de gestion des absences permettent d’identifier et de suivre correctement les prescriptions initiales et les prolongations
- Sécuriser les processus de suivi des IJSS et de subrogation lorsqu’elle est pratiquée
À moyen terme : optimiser le suivi et anticiper les coûts de l’absentéisme
- Cartographier l’impact de l’absentéisme sur la masse salariale en simulant les scénarios les plus fréquents dans l’organisation et en intégrant les mécanismes de maintien de salaire applicables. Sous réserve des conditions légales et des dispositions conventionnelles applicables, l’employeur peut être tenu de compléter les IJSS afin de garantir une fraction de la rémunération pendant une durée déterminée
- Auditer les dossiers IJSS en cours afin d’identifier les anomalies et de sécuriser leur recouvrement
- Former les gestionnaires paie aux nouvelles règles de prescription et à leurs conséquences opérationnelles
- Analyser les arrêts longs et leur articulation avec les dispositifs de prévoyance applicables
Au-delà des nouvelles durées de prescription, cette revue peut utilement porter sur l’ensemble de la chaîne de gestion de l’absence : fiabilité des DSN, suivi des IJSS en cas de subrogation, identification des arrêts longs, articulation avec la prévoyance et qualité des données disponibles dans les outils RH et paie.
Pourquoi anticiper la gestion de l’absentéisme ?
Cette réforme confirme la technicité croissante de la gestion de l’absence, à la croisée du droit social, de la paie, des systèmes d’information RH et du pilotage financier. La sécurisation des dossiers IJSS, la fiabilité des DSN, le suivi de la subrogation, l’identification des arrêts longs, l’articulation avec la prévoyance et la qualité des données constituent autant de leviers à examiner.
En anticipant ces évolutions (audit des dossiers IJSS, revue des processus, mise à jour des outils et formation des équipes) les organisations peuvent renforcer la fiabilité de leur gestion des absences, sécuriser leurs recouvrements et améliorer le pilotage du coût de l’absentéisme.
Un cabinet de conseil opérationnel peut ainsi permettre aux entreprise de bénéficier d’un accompagnement expert dans l’analyse et la sécurisation de leurs processus de gestion de l’absentéisme, avec une attention particulière portée au suivi des IJSS, à la subrogation et à la fiabilité des données nécessaires au pilotage RH et financier.