Οι δαπάνες επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας (βάσει του εγχειριδίου Frascati), συμπεριλαμβανομένων των αποσβέσεων εξοπλισμού και οργάνων που χρησιμοποιούνται για αυτούς τους σκοπούς, εκπίπτουν από τα ακαθάριστα έσοδα των επιχειρήσεων, κατά τον χρόνο της πραγματοποίησής τους, προσαυξημένες κατά ποσοστό 100%. Στην Ελλάδα, ο συντελεστής για τον υπολογισμό του φόρου εταιρειών ανέρχεται σε 22%.
Από το φορολογικό έτος 2025, αυτή η φορολογική έκπτωση αυξάνεται σε ποσοστό 150% για δαπάνες που αφορούν συνεργασίες με εταιρείες που είναι εγγεγραμμένες στο Εθνικό Μητρώο Νεοφυών Επιχειρήσεων (Elevate Greece), αναγνωρισμένα ερευνητικά κέντρα, πανεπιστημιακά ιδρύματα εφόσον δεν είναι συνδεδεμένα με τον λήπτη του έργου ή της υπηρεσίας, καθώς και για αποσβέσεις ερευνητικού εξοπλισμού.
Αναφορικά με τις μικρές και μεσαίες επιχειρήσεις (ΜΜΕ), θεσπίζεται ενισχυμένη φορολογική έκπτωση των δαπανών έρευνας και ανάπτυξης από τα ακαθάριστα έσοδά τους.
Ειδικότερα, εάν οι δαπάνες έρευνας και ανάπτυξης αντιστοιχούν σε ποσοστό ανώτερο του 20% επί του συνόλου των ετήσιων δαπανών τους, παρέχεται φορολογική προσαύξηση 200% για το έτος που πραγματοποιήθηκαν. Σε περίπτωση που οι ετήσιες δαπάνες έρευνας και ανάπτυξης υπερβαίνουν τον μέσο όρο των αντίστοιχων δαπανών των δύο προηγούμενων ετών, οι δαπάνες εκπίπτουν προσαυξημένες περαιτέρω κατά ποσοστό 15%.
Η επιχείρηση κάνει χρήση αυτής της έκπτωσης ως εξωλογιστική προσαύξηση. Πρακτικά, το επιπλέον ποσό αφαιρείται από τα καθαρά κέρδη της μέσω της ετήσιας δήλωσης φορολογίας εισοδήματος.Τυχόν φορολογικές ζημίες που προκύπτουν μετά την εφαρμογή της προσαύξησης μεταφέρονται προς συμψηφισμόγια τις επόμενες πέντε συνεχόμενες χρήσεις σύμφωνα με ις γενικές διατάξεις.
Για τον έλεγχο και την πιστοποίηση των δαπανών επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας, η εταιρεία υποβάλλει φάκελο στη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ) του Υπουργείου Ανάπτυξης. Ο φάκελος περιλαμβάνει όλα τα απαραίτητα δικαιολογητικά έγγραφα για την τεκμηρίωση της επιλεξιμότητας των δαπανών. Σημειώνεται ότι, εάν οι δαπάνες αυτές υπερβαίνουν το ποσό των 60.000 ευρώ, ο φάκελος πρέπει να συνοδεύεται από έκθεση ορκωτού ελεγκτή.
Ο εξοπλισμός και τα όργανα που χρησιμοποιούνται για τη διενέργεια επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας αποσβένονται με αυξημένο συντελεστή 40% αντί του 10%.