Le calcul du crédit d’impôt recherche suit une logique en quatre temps : identifier les dépenses éligibles, constituer l’assiette, appliquer le taux, puis déduire les aides publiques. En apparence simple, ce calcul du CIR concentre pourtant la majorité des erreurs de déclaration.
Ce guide s’adresse à toutes les entreprises souhaitant optimiser leur déclaration de CIR et éviter les erreurs fréquentes, en tenant compte des dernières évolutions réglementaires. Nous vous expliquons ainsi comment calculer le CIR étape par étape.
À retenir avant de commencer : la loi de finances 2025 a modifié plusieurs paramètres clés du CIR (taux des frais de fonctionnement, suppression de certaines dépenses) pour toutes les dépenses engagées depuis le 15 février 2025. Une décision du Conseil d’État de juin 2026 est par ailleurs venue changer les règles sur l’amortissement des prototypes. Ce guide intègre ces deux évolutions.
Vérifiez l’éligibilité de votre projet de R&D selon ces 5 critères
Avant tout calcul du CIR, les projets de R&D doivent satisfaire aux cinq critères du Manuel de Frascati (OCDE), repris par l’administration fiscale :
- Nouveauté : les travaux visent un progrès scientifique ou technique par rapport à l’état de l’art avec la création de nouvelles connaissances scientifiques.
- Créativité : les travaux reposent sur des concepts ou hypothèses originaux.
- Incertitude : les travaux de R&D présentent un verrou technique et les résultats ne sont pas connus à l’avance.
- Caractère systématique : les activités de R&D sont planifiées et budgétées.
- Transférabilité : les résultats sont documentés et reproductibles.
Ces critères s’appliquent, quels que soient la taille de l’entreprise, son secteur ou son régime d’imposition. Le CIR est accessible à toutes les entreprises soumises à l’IS ou à l’IR qui mènent des activités de R&D conformes à ces cinq définitions.
Identifiez les dépenses éligibles à l’assiette du CIR
L’assiette de calcul du CIR correspond aux dépenses nettes de R&D, dont la liste limitative est fixée par l’article 244 quater B du CGI.
Dépenses de personnel
Sont éligibles les rémunérations et charges sociales obligatoires des chercheurs, ingénieurs et techniciens directement affectés aux opérations de R&D, au prorata de leur temps réellement consacré à la recherche.
Personnel éligible :
- chercheurs et docteurs
- ingénieurs R&D
- techniciens de recherche travaillant en étroite collaboration avec les chercheurs
- Stagiaires et alternants participant aux activités de R&D
Personnel exclu :
- direction administrative et financière
- ressources humaines
- direction générale
- marketing et commercial
Jurisprudence 2025 : la CAA de Versailles (22 juillet 2025, n° 23VE00561 et n° 24VE01574, affaire TAP Holding) a durci les conditions d’éligibilité des personnels sans formation scientifique. Pour être qualifiés de techniciens de recherche, ils doivent apporter un appui technique direct, en étroite collaboration avec les chercheurs, et indispensable aux opérations de recherche. Les profils marketing et commerciaux ont été explicitement écartés dans cette affaire, faute de traçabilité suffisante du temps passé en R&D.
Justificatifs à conserver : fiches de suivi de temps ventilés par projet de R&D, organigrammes des projets, feuilles de présence, bulletins de salaire, livre de paie.
Dotations aux amortissements
Les dotations aux amortissements des immobilisations affectées directement aux activités de R&D entrent dans l’assiette du CIR au prorata de leur utilisation sur les projets de R&D : équipements de laboratoire, instruments de mesure, matériels informatiques dédiés à la R&D, y compris pour le développement de prototypes ou d’installations pilotes.
Revirement de jurisprudence : la CAA de Douai avait jugé (19 juin 2025, n°24DA01095, affaire SAS Green Big) que l’amortissement d’un prototype lui-même était exclu du CIR, celui-ci étant le résultat de la recherche et non un moyen de la réaliser. Le Conseil d’État a cassé cette position le 17 juin 2026 (n°507371) : le caractère de prototype d’une immobilisation ne fait plus, à lui seul, obstacle à l’éligibilité de son amortissement. L’affaire revient devant la CAA de Douai, où le débat portera sur la preuve de l’affectation réelle du bien à la R&D. Les entreprises qui excluaient par prudence leurs prototypes peuvent revoir leur position.
Frais de fonctionnement
Calculés de manière forfaitaire :
| Base de calcul | Taux depuis le 15/02/2025 | Taux avant le 15/02/2025 |
| Dépenses de personnel éligibles | 40 % | 43 % |
| Dotations aux amortissements éligibles | 75 % | 75 % (inchangé) |
Ces frais couvrent forfaitairement les charges locatives, les consommables et les frais généraux liés aux opérations de R&D.
Sous traitance auprès d’organismes agréés
| Type de sous-traitance | Plafond annuel |
| Organisme de recherche public | 12 M€ |
| Prestataire privé agréé (sans lien de dépendance) | 10 M€ |
| Prestataire avec lien de dépendance (groupe) | 2 M€ |
Règle complémentaire : les dépenses de sous-traitance auprès d’un prestataire privé agréé ne peuvent pas dépasser 3 fois le montant des autres dépenses éligibles hors sous-traitance. La sous-traitance en cascade au-delà de deux rangs est en principe exclue de l’assiette.
Dépenses de normalisation
Les dépenses liées à la participation aux comités de normalisation directement rattachés à des opérations de R&D restent éligibles au CIR en 2026.
Ce qui n’est plus éligible depuis la LFI 2025
Depuis le 15 février 2025 (LFI 2025, art. 55, confirmé par le décret n°2025 654 du 16 juillet 2025), ne sont plus éligibles au CIR :
- les frais de brevets : prise, maintenance et défense, ainsi que les dotations aux amortissements des brevets acquis pour la R&D
- les certificats d’obtention végétale (COV) : mêmes exclusions que pour les brevets
- les dépenses de veille technologique, auparavant plafonnées à 60 000 € par an
- le régime jeune docteur, qui permettait de doubler les dépenses de personnel des docteurs nouvellement embauchés en CDI pendant 24 mois
Les docteurs restent éligibles au CIR comme tout chercheur, simplement sans majoration d’assiette. Un retour partiel de ce dispositif, sous une forme différente et conditionnée à la stabilité des effectifs de recherche, est en discussion dans le cadre du PLF 2026, mais n’est pas encore en vigueur.
Cas particulier : pour une déclaration couvrant des dépenses antérieures au 15 février 2025, les anciennes règles restent applicables à cette fraction (43 % de frais de fonctionnement, éligibilité de la veille technologique, des COV, des brevets et du régime jeune docteur).
Calculez l’assiette nette du CIR
Étape 1 : Constituer l’assiette des dépenses éligibles
| Assiette Brute = |
| Dépenses de personnel R&D (salaires bruts+ charges éligibles) |
| + Dotations aux amortissements R&D |
| + Frais de fonctionnement (40 % × personnel + 75 % × amortissements) |
| + Sous-traitance agréée CIR (dans les limites de plafond) |
| + Dépenses de normalisation |
Étape 2 : Déduire les subventions publiques reçues
Les aides publiques perçues (subvention, prêt à taux zéro, avance remboursable) pour les projets de R&D doivent être déduites de l’assiette brute :
| Assiette nette = |
| Assiette brute − Subventions publiques reçues |
Depuis la LFI 2025, la notion de subvention publique à déduire est élargie aux aides versées par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public (Bpifrance, avances récupérables, aides régionales et européennes), en plus des aides de droit public.
Étape 3 : Appliquer le taux du CIR aux dépenses éligibles
| Localisation | Taux | Seuil |
| France métropolitaine | 30 % | Jusqu’à 100 M€ |
| France métropolitaine | 5 % | Au-delà de 100 M€ |
| Départements d’outre-mer | 50 % | Jusqu’à 100 M€ |
| Départements d’outre-mer | 5 % | Au-delà de 100 M€ |
Montant du CIR = assiette nette × taux applicable.
Aucun plafond global ne s’applique au montant total du CIR, contrairement au crédit d’impôt innovation.
Exemple chiffré :
Une PME en France métropolitaine déclare les dépenses de R&D suivantes pour l’année civile 2025 :
Dépenses de personnel R&D : 200 000 €
Dotations aux amortissements R&D : 40 000 €
Frais de fonctionnement : (200 000 × 40 %) + (40 000 × 75 %) = 80 000 + 30 000 = 110 000 €
Sous-traitance agréée : 50 000 €
Subvention Bpifrance reçue pour le projet : 30 000 €
➡️ Assiette brute = 200 000 + 40 000 + 110 000 + 50 000 = 400 000 €
➡️ Assiette nette = 400 000 − 30 000 = 370 000 €
➡️ Montant du CIR = 370 000 × 30 % = 111 000 €
Évaluez votre ratio CIR
Le ratio CIR rapporte le montant de crédit d’impôt aux dépenses totales de R&D de l’entreprise. Le taux plafond étant de 30 % en France métropolitaine, un bon ratio se situe généralement entre 25 % et 30 % des dépenses brutes, une fois les subventions et les postes non éligibles pris en compte.
Un ratio inférieur à 20 % peut signaler des dépenses mal ventilées, des postes éligibles non déclarés, ou une assiette trop étroitement définie. C’est souvent le point de départ d’un audit interne ou d’un accompagnement par des experts.
Déclarez votre CIR via le formulaire 2069-A-SD
Le calcul CIR est formalisé sur le formulaire n° 2069-A-SD, joint à la déclaration de résultats. Il détaille ligne par ligne chaque poste de dépenses de R&D.
Les principales lignes du formulaire correspondent à chaque catégorie de dépenses :
- Ligne dépenses de personnel : salaires brutes et charges sociales éligibles des chercheurs, ingénieurs, techniciens stagiaires et alternants, au prorata du temps valorisé
- Ligne dotations aux amortissements : montant des dotations aux amortissements des équipements R&D pris en compte dans le calcul
- Ligne frais de fonctionnement : calcul forfaitaire, montant égal à 40 % des dépenses de personnel + 75 % des dotations aux amortissements
- Ligne sous-traitance public : montant des travaux confiés à des organismes de recherche publics agréés CIR, dans la limite de 12 M€
- Ligne sous-traitance privée : montant des travaux confiés à des prestataires privés agréés CIR, dans la limite de 10 M€
- Ligne dépenses de normalisation : montant des dépenses liées aux travaux de normalisation rattachés à des opérations de R&D
- Ligne déduction subventions : montant total des aides publiques perçues à déduire de l’assiette brute avant calcul du montant du CIR
- Ligne montant du crédit : résultat du calcul, montant du CIR à imputer sur l’impôt dû ou à rembourser
Chaque ligne doit être renseignée avec précision et recoupée avec les pièces justificatives du dossier technique et financier.
